花火大会の日の夜、主人公を含む5人の子供たちは謎の発光体の正体を確かめるべく、裏山へ足を運ぶ。 そこで、待ち受けていたのはデータの生命体「デジモン」の1匹・アグモンと、異形のデジモンを操る謎の三人組であった。 主人公はアグモンに頼まれデジモンと共に戦う人間・テイマーとなり、三人組を撃退する。
主人公たちは三人組を追ってデジモン達の住む世界「デジタルワールド」へ向かうが、 そこではテイマーは次々と姿を消し、デジモン達は進化ができなくなるなど異変が起こっていた。