人類の播種船シドニアは、太陽系を滅ぼした異生物ガウナの本拠地「大シュガフ船」のあるレム恒星系にたどり着いた。東亜重工が巨大兵器「重力子放射線射出装置」を完成させたことで進攻を開始。だが、融合個体二号「かなた」の体が乗っ取られ、百年前に大災害をもたらした科学者落合が復活してしまう。英雄・谷風長道が負傷で出撃できない中、エナで作った重力子放射線射出装置を持つ落合（かなた）の登場。シドニアに危機が迫る！