ストーリーは原作の初期に相当する。プレイヤーは葉瀬中の生徒で、何故か佐為が見えたため、ヒカルと共に囲碁部に入部して塔矢アキラとの対局を目指す。
チュートリアルを内包したストーリーモードとフリー対局（9路、13路、19路盤が選択可能）、通信対局（要 通信ケーブル）、詰碁（初級・中級・上級各100問+α）で構成されている。ハードのスペック上、上級者との対局はCPUの思考時間がかなり長い。