前作『マリオテニス64』でのお手軽ながら本格的なゲーム性や操作感はそのままに『スペシャルショット』という各キャラ二つずつの必殺技を導入、ゲームの幅が広がった。スペシャルショットをオフにすることで従来どおりのテニスも楽しめる。前作のウリであった携帯機との連動は今作では削除されている。

Wii版の変更点

    Wiiリモコンを振ることでショットをする。トップスピン、スライススピンはGC版で言うところのボタン二回押しのショットしか打てなくなった。フォアハンド、バックハンドの打ち分けも出来る。
    チャージは目の前にボールが来ると自動で行うようになった。
    キャラクターの移動はオートになった。ヌンチャクをつけることで従来どおり自分で動かすことも出来る。
    チャージエフェクトの変更など随所に渡ってエフェクトが変更されている。
    メカクッパバトル、ゲッソーチャレンジなど一部のミニゲームのルールが若干変更されている。
    サーブのスピードが全体的に落ち、ナイスショットが削除された。
    スペシャルショットゲージの追加。
    クローズアップリプレイの追加。
    16：9のワイド画面に対応。
    対戦時に画面分割するようになった。