ジュエリーランドの平和の象徴である12個の宝石がクッパ達に奪われ、その国のポット王とパイン王子も行方不明になってしまった。パイン王子の友達であるピーチ姫から助けを求められたマリオとヨッシーの2人は、ジュエリーランドの平和を取り戻すため、クッパ達によって奪われた12個の宝石を奪還する冒険の旅に出発した。