本作の最大の特徴は「2人乗り」である。さらに前作まではキャラクター毎に性能が設定されていたが、今作よりカートも個別に選択することになる。カートにも軽量級、中量級、重量級のどれかに設定されており、キャラのサイズによって使用できるものが違ってくる。基本的に、カートのサイズが軽くなるほど加速やハンドリングが高く、重くなるほどスピードや重さが高い。本作ではそのカートに乗るキャラを2人選んでレースに挑む。そのため、操作キャラクターが隠しキャラクターを含めて20人と増えている。グランプリ・VSでのカートの台数はこれまで同様8台だが、二人乗りの為参加人数は16人とシリーズ最多である。また、ファイナルラップになるとBGMのテンポが上がるが、本作以降はそれに加えて音程も上がる。排気量が100cc以下の場合はCPは全てデフォルトのコンビ（プレイヤーのコンビによっては若干変わる）になるが、150ccおよびミラーではCPの組み合わせがランダムになる。