米国では発売されなかったが、1998年に日本国外版『MOTHER』である『EarthBound ZERO』の開発版と思われるROMイメージが放出された。

本作は、初めての現代を舞台にした本格的RPGである。主人公たちはPSI（サイ）という超能力を持ち、さまざまな武器を装備して戦うが、あくまで等身大の少年・少女として描かれている。ゲーム上のグラフィックを全て同スケールで描いていた（世界マップ上の村や町のアイコンへ入ると村や町のマップに移動する「切り替え」がなく、ビルや山岳等の地形も、すべてキャラクターの大きさに合わせたサイズで描かれている）のも、糸井の発案による独自の表現であり、当時としては画期的なものだった。戦闘はランダムエンカウント方式。ゲームボーイアドバンスの『MOTHER1+2』では、Rボタンを押すことで早く移動できる「ダッシュ機能」が追加された他、ファミコン版に登場したいくつかのグッズが出なくなっている。

ゲーム中に登場する敵キャラクターも、従来のRPGによく登場するような「モンスター」は少なく、異星人に操られた人間や、暴れ出した動物、ポルターガイスト現象で動き出した物体などが多く登場する。これらの敵と戦って倒したときは、人間なら「われにかえった」、動物なら「おとなしくなった」などが使われる。また、主人公たちのHPが0になったときも、「死亡」ではなく「意識不明」という表現が使われている。今日ではファイナルファンタジーシリーズでも「戦闘不能」という表現が用いられているが、『MOTHER』発売当時はファイナルファンタジーシリーズの戦闘でも「死亡」の表記を使っており、「戦闘での死亡表記」が避けられたRPGは当時『桃太郎伝説』、『MOTHER』、『スクウェアのトム・ソーヤ』があった他、『天地を喰らう』ではHPではなく兵士数という表現になっており戦闘で敵の兵士数を0にしても討伐できず再戦する流れを自然に表現している等、システムの差別化が模索され始めていた時期であった。道具は「アイテム」ではなく「グッズ」と表記されている。

他、敵を倒して金を稼ぐシステムも従来のRPGとは異なる。戦闘で勝利したときに、敵キャラクターの持ち金を主人公たちが直接その場で狩るのではなく、それに相当する分の金が銀行に振り込まれるようになっている。第1作と第2作では公衆電話で「パパ」に電話をすると、振り込まれた金額がわかるようになっている。なお、銀行から金を下ろすときは「キャッシュカード」が必要である。