クルクルやまのふもとにある不気味な砦に住む悪の魔女グランチルダは、ある日鍋のディングポットに「この世で一番綺麗なのは誰？」と占った。ディングポットはグランチルダが綺麗と言い、彼女を満足させる。しかしディングポットは偶然チューティと言う女の子を見つけ「チューティこそが一番綺麗」だと言い変える。それを聞いたグランチルダは激怒し、チューティが本当に自分より綺麗なのか確かめるべく、愛用のホウキにまたがって外へ飛び出して行った。

当のチューティは兄のバンジョーと冒険旅行に行く為彼の家にやって来た。その時グランチルダが現れる。チューティを見つけたグランチルダは彼女の方へ飛んで来た。チューティの抵抗はむなしく彼女はグランチルダに誘拐されてしまう。バンジョーはこの騒動に全く気付かず気持ち良く眠っていたが、逆に騒動に気付いていた鳥のカズーイに叩き起され共に外に出た。現場に居合わせていたモグラのボトルズからチューティがさらわれた事を聞き、バンジョーとカズーイはグランチルダの砦へ向かう。

その頃砦の中では、グランチルダが自らが開発した他人の若さと美しさを吸い取る機械を使ってチューティの美しさを自分のものにしようと企んでいた。機械のエネルギーが貯まるまでにバンジョーとカズーイはチューティを助け出せるのだろうか……。