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永井豪原作のヒーローが競演するマジンガーシリーズ劇場オリジナル作品第５弾。今回は、グレートマジンガーが敵の手に落ち、タイトル通りの２大ロボットの対決を堪能できる。グレンダイザーを倒すため、ベガ星連合軍のバレンドス親衛隊長が地球へと送りこまれてきた。宇宙科学研究所の兜甲児は、単身、バレンドスに立ち向かうが、円盤獣ジンジンによって捕らわれてしまう。甲児を脳波探知機にかけ、グレートマジンガーの存在を知ったバレンドスは、ロボット博物館を急襲。グレートマジンガーを奪取するのだった。