巨人がすべてを支配する世界。巨人の餌と化した人類は、巨大な壁を築き、壁外への自由と引き換えに侵略を防いでいた。だが、名ばかりの平和は壁を越える大巨人の出現により崩れ、絶望の闘いが始まってしまう。

王の命を受けた中央憲兵により、身柄を狙われるエレンとクリスタ。暴走する王に対し、調査兵団はついに王政打倒を決意する‥‥!! だが、調査兵団に対する最強の刺客、「対人制圧部隊」の魔手がその目前に迫っていた!!