400年前、ある平和な町を襲った魔女狩りの波。そのなかで一人の少女が焼かれた。街の誰もが少女の死を望んでいた。その少女が消えた夜、街は炎に包まれる。消えることの無い炎によって、街の人々が消え去った…。

　代々退魔師として名を馳せている当麻家には、不死身の肉体を持ち、遥か昔から退魔師として世界の魔を狩っているアポ＝ステイトが居候している。主人公、当麻聖が幼い頃廃ビルで魔に襲われたことがあった。そこで助けてくれたのがステイトだ。以来、聖と日々魔物を狩り続けている。
　いつもの様に魔物を狩った翌日、ある事件が起こった。テレビに映るのは無人の電車。そこに乗っているはずの乗客が、皆、忽然と姿を消したのだ。映像を見て違和感を感じる聖。魔眼が疼き、かつて無い規模の魔の存在を感じた。そして、霊安室で目撃する遺体。それを見た聖は驚愕し、震え、吐いた。

　彼女らは皆、生きたまま焼き殺されていた。まるで、そう　――――魔女狩りのように。