西历2301年，故事发生在海水环绕的水都──新威尼斯。一心一意想成为独当一面的领航员的灯里，以及她的伙伴们，某天在参观一座古老剧场时，遇到一位名为阿修的少年。他为了使梦幻歌剧《水精灵》能够上演，正到处找寻着下落不明的剧本等资料。灯里等人在帮忙他的同时，发现到之前在剧场中结识的一位名为亚德莉娜的女性，和《水精灵》有关……。以水星为舞台展开，一回的歌剧中所隐含的邂逅和离别……。阿修和灯里等人，能够让歌剧顺利上演吗？