現代から遠く離れた未来―S.D.（Superior Dominance：特殊統治体制、西暦3千数百年）の時代。人類はスーパーコンピュータによる完全な管理の下、子供を教育する専用の惑星と、社会を営む大人の惑星とに分かれていた。
地球から遠く離れた植民惑星アタラクシアで育った少年ジョミー・マーキス・シンは、『目覚めの日』（＝14歳の誕生日）の数日前から不思議な夢を見ていた。1人の盲目の美少女と青い髪の若者が会話している場面である。
そして『目覚めの日』、成人検査の最中に、夢に出て来た青い髪の若者に助けられた。実は成人検査とは、社会人としての適性を検査し、過去の記憶を消され洗脳されると同時に、超能力を持つ新人類「ミュウ」を発見し社会から排除するためのものでもあった。“不適格者”（＝ミュウ）と診断されたジョミーは抹殺されそうになるが、そこへミュウの手助けが入り、混乱の中ミュウの船へ迎えられることとなる。実はジョミーもミュウだが、繊細なミュウには耐えられないとされる諸検査を、その強靭な精神力でことごとくクリアしていたのだ。
夢の若者の正体は、当代のミュウの長ソルジャー・ブルー。彼らは長年にわたりミュウの人権を訴えてきたが、願いは叶わず、仲間を増やしつつ統治機構がある地球を目指していた。ジョミーは最初は戸惑い、抵抗心剥き出しだったが、障害の補完として超能力を持つ他のミュウとは違って“健常者かつミュウ”である事から、新しいソルジャー（ミュウの長の称号）となるようブルーに請われ、彼の記憶と精神を受け継ぎ“ソルジャー・シン”となる。
一方、統治者候補で“無垢な者”としての養育を受け、執行機関「メンバーズ・エリート」の一員となったジョミーと同い年の青年がいた。彼の名はキース・アニアン。親友サム達とは違い、成人検査を受けた記憶も幼い頃の記憶も一切持たない彼は、様々な出来事の中で、徐々に自身の正体とミュウの廃絶の可能性の有無を見出しながら出世コースをひた走る。
この2人の接触は、十数年にもわたるミュウと人間の戦いと、地球の新時代の幕開けに繋がる様々な事件を引き起こすこととなる。ミュウも人間も葛藤し、悩み、苦しみ、悲しみを味わいながら、戦いに身を投じていく。
果たして、ジョミー達ミュウは地球（テラ）へたどり着くことができるのか……?