巨人がすべてを支配する世界。巨人の餌と化した人類は、巨大な壁を築き、壁外への自由と引き換えに侵略を防いでいた。だが、名ばかりの平和は壁を越える大巨人の出現により崩れ、絶望の闘いが始まってしまう。

エレン、ユミルを「故郷」に連れ帰ろうとするライナーとベルトルト。調査兵団は決死の突撃によりエレンを奪還する。だがその代償は大きく、さらにユミルがライナーらの元に残る決断をし‥‥。しかも、エレンとクリスタを巡り事態は急転。調査兵団は「内」と「外」と2つの脅威に対峙する!