1961年に前身であるレオ・プロダクションを設立、1975年に社名をスタジオエルに変更、1988年に有限会社として法人組織化。2005年8月までは仕上・撮影を行うのみであったが、同年9月に作画専門スタジオ「ジェック・イー」（Jec.E）を吸収したのに伴い、作画部を設立し、自前で演出・作画・仕上・撮影を行う体制を整え、テレビアニメのグロス請けを行うようになった。初の自社制作作品は、携帯コンテンツ『千夜鬼譚』である。更なる制作能力拡大の為、2012年7月に3DCG部を設立。同年9月にはアニメ・スポットを吸収し、所属スタッフ全員がエルに移籍した。

2017年3月、3DCG部を解散。2018年2月、海外部を設立。

東京都中野区上鷺宮5丁目7番4号に自社ビル（エルビル）があり、背景を除く全ての部署が集約されている。

制作がデジタル化し始めた一時期は「スタジオエルデジタル」、「スタジオエルデジタル部」とクレジットされていた作品もある。

【制作部】制作部は、アニメーションの制作における様々なマネージメントを行い、作品のクオリティを管理する部署です。
アニメーションの企画から放送までの多岐にわたり、すべての工程に関わっています。
役職としては、プロデューサー、制作デスク、設定制作、制作進行、などがあります。
【作画部】アニメーションは1枚1枚の絵を繋いで映像にしていきます。
作画部は、その1枚1枚を描いていく部署です。
弊社では、監督、演出、キャラクターデザイン、総作画監督、作画監督、原画、動画検査、動画が在籍しています。
【仕上部】動画に、彩色、特殊効果などを施して一枚の絵として完成させる部署です。
ペインターの他、彩色設定、色指定検査、版権仕上げ、特殊効果などのスペシャリストが在籍しています。
【海外部】海外部は、制作進行と海外アニメーターとの間でパイプ役になり各作業の手配をする部署です。
主に、作業の受発注や、素材の回収/戻し、問い合わせ対応などを行います。
作業種類としては、海外レイアウト、海外レイアウト作監、海外二原、海外動画、海外仕上、海外動仕、海外線撮などを取り扱っています。
【摄影部】撮影作業は、カット単位での最終工程です。
作品の意向を汲み取りながら、セル、背景、仕上げ、2DCG、3DCG等の各部署から上がってきた素材にエフェクト処理等を加え、コンポジットしていきます。
また、アニメーション（動き）を最初に実際のタイミングを確認できる部署です。
弊社には、撮影監督、作品担当者などが在籍しています。