游戏原计划在3DO主机上发行，原名为Metal Gear 3。本作是全系列第一部3D作品。日文初始版为日语配音以及日语界面，流程相当于后来美版的EASY难度，而结算则是以美版HARD难度为标准。后来美版发售以后加入了难度选择，以及可观看过场动画功能。1999年以美版为基础，在日本再次发售了加强版本《Metal Gear Solid Integal》（也称国际版），和美版同样是英语配音，但是字幕可选日文或者英文，并新增了新难度BEGINNNER（出场自带MP5SD，但此难度无法游玩二周目）。此外日版的第三张碟命名为VR Mission（美版该碟独立发售），有大量精心设计的VR关卡（日初版仅有10关），若在国际版获得了BB称号（可通过正常游戏流程，也可通过连接PocketStation游玩联机小游戏获得）可以解锁可操控Gray Fox的三个VR关卡。

此版本由当时的新晋制作人野尻真太负责制作，剧情为不同于正作系列的平行剧情，与正统作品1代矛盾

和1代一样，后来也发售了加强版《合金装备2：实体》 （Metal Gear Solid 2: Substance），加强版为英语配音，新增近500个VR任务以及可操控Snake本人的Snake Tale模式，此外PS2版的《实体》收录了以Snake和Raiden为主角的滑板游戏（即Evolution Skateboarding，KONAMI在PS2上推出的滑板游戏）。后来的高清版也是以加强版为蓝本移植，只是日版高清版再次改回日语配音，并去掉了滑板小游戏。加强版的PC英文版于2003年被北京空间互动引入中国大陆发行，随后于2005年发布简体中文版，官方译名为潜龙谍影2：真实之影。但该作翻译质量糟糕，玩起来让人一头雾水。

本作同样发售了加强版，但是此作的加强版和原版不存在配音方面的区别。加强版副标题为Subsistence，也有人翻译成生存（不是那个打僵尸，那个叫MG Survive），其内容包括：和4一样的视角控制模式、系列首部网络在线对战模式（MGO）、MSX版的1代和2代的移植版、更新的猿蛇合战模式（原版仅有10关）、可在线下载各种迷彩和面彩的功能（后来HD版全部收录）、过场动画观赏、恶搞剧场等等。也因此加强版发售时有两张碟（日版有三张，不过第三张就是单纯观看过场动画）。后来高清版则删除了猿蛇合战与在线模式。