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日向アキトは最悪の戦場にいた。
ブリタニア軍に包囲されたユーロピア共和国連合（E.U.）132連隊を救うためのナルヴァ撤退作戦。
ナイトメアフレーム・アレクサンダに取付けられた自爆装置と、 カミカゼをあてにする無能なwZERO部隊隊長によって死んでいく仲間。
アキトは、その逆境の戦場で終わるあてのない戦いを繰り広げる。
そして誰もが部隊の全滅を予想した時、wZERO部隊参謀レイラが動く・・・。

ブリタニアに占領され“エリア11”となった祖国日本。
その余波を受け、E.U.領内の多くの日本人は収容所に収容された。
アキトに残されたのは、E.U.の地でイレヴンと蔑まれながら生きるための戦いを続ける道だけ。
アキトは己を一つのナイフのようにとぎすませることで、その日々を生き抜いている。 だが、牙を失わず、生きるための戦いを続ける若きイレヴンは彼だけではなかった。 佐山リョウ率いるグループは、自由を勝ち取るためある計画を仕掛ける。
様々な思惑が渦巻く中、アキトはこのE.U.で生き抜くことが出来るのか？