时长: / 首播:2000-08-12
　レイヴンのジェノブレイカーとの闘いでゾイドコアに致命傷を負ったアーバイン（藤原啓治）のコマンドウルフは、バン（岸尾大輔）やフィーネ（大本眞基子）が見守る中、石化が進行。最期の時が迫っていた。
　そんな中、ディ（園部啓一）がバンたちに見せたいものがあるという。ディは帝国から依頼を受け、秘密裏にあるゾイドの開発を進めていた。古代ゾイド人の遺産を雛形に、最先端の科学が現代に甦らせた超高速ゾイド＜ライトニングサイクス＞だ。
　さっそくバンたちはライトニングサイクスのシミュレーション走行を見せてもらうが、そこには一つの問題があった。敏捷性は目を見張るものの、その凄まじい速度にパイロットが耐えられないのだ。今回のシミュレーション走行中にもパイロットは気を失い、機は岸壁に激突。なんと戦闘データを記録している頭脳とも言うべきメモリーバンクを損傷してしまう。
　そこでディは、ライトニングサイクスにコマンドウルフの戦闘データを移植することを思いつく。
　そんな折、首脳会議に向かう共和国大統領ルイーズ（高島雅羅）を乗せたトーマのディバイソンが、ヒルツ（櫻井孝宏）に乗っ取られた。知らせを受けたアーバインは、コマンドウルフの戦闘データを移植したライトニングサイクスに乗り込み発進する。