时长: / 首播:1999-09-04
惑星Zi（ジィ）のエレミア砂漠を、砂煙を巻き上げ、凄まじいスピードでホバーボードを走らせる一人の少年がいた。少年の名は、バン。
　ふとしたことから砂漠の盗賊団に追いかけられていたバンは、彼らの操るサソリ型ゾイド〈ガイサック〉に追いつめられ、砂漠に埋もれた遺跡に逃げ込む。だが、そこには朽ち果てたゾイドゴジュラスとシールドライガーの姿があるだけで、バンの助けになりそうなものは何一つ見当たらなかった。
　遺跡を次々と破壊しながらバンを追いつめる〈ガイサック〉･･･。その膨大なミサイル攻撃で、ゾイドゴジュラスとともに崩れ落ちて砂に埋もれてしまったバンは、壊れたホバーボードを修理するための部品を探して遺跡の中に入る。そして偶然にも、隠し部屋を見つけたバンは、研究所のような部屋の中に、巨大な楕円形の装置、ゾイドエッグが放置されているのを発見する。
　電源が生きている事を確認したバンがゾイドエッグの起動スイッチを入れると、ゾイドエッグは発光を始め、やがてガラスの殻を破ってティラノサウルス型ゾイドが誕生した。　村人を守るために命を落とした勇敢な「ゾイド乗り」であった父親にあこがれ続け、ついに念願のゾイドを手に入れたバン。バンは〈ジーク〉と名づけたゾイドとともに、執拗に迫ってくる〈ガイサック〉に立ち向かう。