1918年11月。サイレントヒルの中央に位置し、町の主要な観光資源ともなっているトルーカ湖。その湖を移動する船「リトル・バロネス号」は二度と戻ってこなかった。乗組員、乗客合わせて14名もまた、生存者どころか、その死体すら発見されていない。そして75年後。エリック、ティナら大学のオカルトサークルの面々は、静かな観光地に伝わる数々の伝承、特に数多くの死者が眠ると言われるトルーカ湖にまつわる噂に強い興味を持ち、週末の連休を利用してサイレントヒルにやってきた。
翌朝、謎めいた悪夢にうなされるエリックが目を覚ますと仲間たちの姿が消えていた。エリックとティナは仲間たちを探すべく、拳銃を手にして霧に包まれた無人の街へと歩き出した・・・