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試作型ガイアメモリによる風都市民の暴走を食い止めていたWは、超能力を操る女性ミーナに突如襲われる。何とか彼女をなだめたWこと翔太郎とフィリップたちは、彼女からかつて風都タワーで死闘を繰り広げた宿敵・大道克己 / 仮面ライダーエターナルの意外な過去を知ることとなる。
遡ること数年前。羽原レイカを最後のメンバーに加えた、大道克己率いる傭兵部隊「NEVER」は、東南アジアの某国においてテロリスト掃討任務の最中、超能力兵士「クオークス」のミーナと遭遇し交戦。だが克己は、ミーナが深い苦しみを抱いて戦っていることに気付き、止めを刺さずに「お前を戦わせている奴は誰だ?」と問う。しかしそこに同じくクオークスであるロイドとシオンが現れ、ミーナを巡って交戦に。さらに仮面ライダーエターナル レッドフレアも現れ、敗北を喫した克己とレイカはクオークスの研究施設「ビレッジ」に連行されてしまう。
「ビレッジ」において過酷な生活を強いられているクオークス候補者たちを目の当たりにした克己は、クオークスの開発者であるドクター・プロスペクトを倒すことを決心するが……。