平凡な小学三年生、高町なのは。不思議なフェレットのユーノと、彼が持つ魔法のデバイス・レイジングハートとの出会いで、魔法少女としての運命に巻き込まれる。危険な古代遺産「ジュエルシード」を巡り争うことになる異世界の少女、フェイト・テスタロッサとの出会いや時空管理局の介入から事態は激しさを増し、戦いの日々へと…。悲しい運命を背負ったフェイトにひかれ、同じ寂しさを分かち合いたいと願ったなのは。「友達に、なりたいんだ」思いを届けるため、なのはは自らが得た魔法を手に、フェイトと、運命との戦いを選んだ―。