平凡的小学三年级的小学生高町奈叶和一个来自为太古遗产进行挖掘而来异世界米德芝尔达的尤诺·斯克莱亚的魔法邂逅下，成为了与尤诺一起对平行次元中存在的高度科技的文明的遗产——“圣石之种”进行收集的魔法少女。

　　本作の設定や世界観を継承しているが、内容はSequence:0-1（第1話）からSequence:0-4（第4話）までは前日談だが、Sequence:1-1（第5話）から漫画版独自の展開になっており、本作とはアナザーストーリーになっていると公式に言及されている。