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ハーバーダ大学の卒業とともに日本に帰国した自称天才・ダイゴは、これから日本を元気にしようと勝手に意気込んでいたところ、公園でいじめられている小学生・ヒロキを発見。心を閉ざしているヒロキが自分を求めていると勝手に確信したダイゴは、ヒロキ達が通う小学校の特命教師に勝手に就任、ヒロキを追いかけ勝手に自宅にまで上がり込む。

と、ヒロキの部屋の前に落ちていた1枚のカードゲーム―「カードファイト!! ヴァンガード」。いじめられっこのヒロキの唯一の誇りであり心の支えであるもの、それはヴァンガードなら誰にも負けないという自信だった。

「ヴァンガードは敵からどんな攻撃を受けても決して挫けず、心を奮い立たせて戦うんだ」

ダイゴはこのヒロキの言葉を聞き、ヒロキも心の中に勇気を持っている事を確信する。
そしてヒロキも、カードファイトでどんなにボロ負けになっても諦めないダイゴの姿を見て心を動かし始める。

ある日、ヒロキ達の住む来礼町でヴァンガードの大会が開催される事となった。
大会のポスターを眺めるヒロキに、出場するのかを問ういじめっ子・テル。
いじめっ子との対決、母への思い、父親への葛藤――全てを背負い、ヒロキはダイゴとともにカードファイトへと挑む！「ＳＴＡＮＤ　ＵＰ！ヴァンガード！」