鬱蒼とした雑木林に囲まれた、町外れの私立図書館・黄昏堂(たどがれどう)。
そこで働く新人司書・湊(みなと)は、怠惰で偏屈な館長・空汽(うつろぎ)や愛猫のクロ、数少ない常連客に囲まれ仕事に励む日々を送っていた。
ある日、館内から忽然と姿を消してしまった来客を捜す最中、空汽に案内されたのは地下書庫の隠し扉。
《永劫廻廊(えいごうかいろう)》と呼ばれる異界へつながる道で、湊は神々や使い魔たちと出会い、やがてある手記に纏わる“時空を超えた謎"を知ることとなる――。