宇宙世紀に入って、地球は隆盛を極めていた。しかし、全宇宙を手中にしようと企む宇宙魔王マンドラーが、その無の魔力によって地球上に巨獣（原始時代に地球上に存在した恐竜のことである）を蘇らせた。宇宙魔王マンドラーとその手下巨獣群によって、地球人は地表に基地や武器を残し、生命の源である海の底へと生きる大地を移すことを余儀なくされた。

そして時は流れ、地球人たちは再び輝く太陽と緑の大地を取り戻すべく、地球奪回組織“テラクレスタ”を結成し、戦闘迎撃機“ウイングギャリバー”を完成させ緊急発進した。ウイングギャリバーは、大地に残された格納庫からパーツを奪還し、合体分離のフォーメーション攻撃を敵に加えながら、宇宙魔王マンドラーを目指す。