遥か昔、アガルタと呼ばれる神の国があった。
アガルタの神人たちは、人類に知識と文明をもたらした。
しかし、やがて人類はアガルタの力に溺れ、争うようになった。
アガルタは地中に消え去り、同時に人類の文明は洪水に襲われた。
しかし、一部の神人はアガルタを脱出、アガルタ消失後の人間たちの復興に協力した。

永い時が流れた。
幾度かの戦乱の後、ウガヤ王朝がこの地を統合し、平穏な時代が続いていた。
しかし、東方の大陸フダラクからミロク帝と名乗る巨人が魍鬼を伴って来襲し、ウガヤ王朝は滅亡してしまう。
新たな支配者となったミロク帝は、魍鬼によって人間たちを支配する“金剛国”を建国した。

ある嵐の夜、かろうじてミロク帝の支配を逃れていた“ニソの杜”に、手足をはじめ身体の八か所がもぎ取られた赤子が、雨の河の蓮の花に乗せられて流れ着く。
ヒジュラの長老タタラ（汰々羅）は、この赤子にギミックを装着し、マダラ（摩陀羅）と名付けて、タタラの孫娘キリン（麒麟）と共に姉弟のように育てた。
そして15年後、平和なニソの杜にもついに金剛国の魔の手が伸びてきた。
本当の身体を取り戻し、呪われた運命の秘密を探るため、マダラの旅が始まった。