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ウルトラマンメビウスが地球防衛に就く20年前のこと。ウルトラマン、ウルトラセブン、ウルトラマンジャック、ウルトラマンエースのウルトラ4兄弟は、異次元人ヤプールの怨念の集結した究極超獣Uキラーザウルスの地球侵攻を阻止するため、月面で激しい戦いを展開。

苦闘の末に4兄弟はUキラーザウルスを神戸港沖に沈め、自分たちの光エネルギーの大半を使い果たす大技ファイナル・クロスシールドによってヤプールの怨念を封印する。4兄弟は変身能力を失ってしまったが、愛する地球にとどまって地球人の姿で生活を始め、その傍らで封印を監視し続けていた。

そして現在。神戸港における異変を察知し、調査のため現地へ赴いたウルトラマンメビウス＝ヒビノ・ミライは、海洋科学者のジングウジ・アヤとその弟・タカトと出会う。タカトはかつてウルトラマンやGUYSに憧れていたが、3ヶ月前に怪獣に遭遇した際、愛犬を助けられなかったことに対する自責の念から、自らその夢を捨てていた。

タカトが塞ぎ込んだことには自分にも責任があると考え、彼の心を救う決意をするミライ。ミライは、ハヤタたちウルトラ4兄弟から自分たちウルトラマンは神ではないと諭された。

この時、地球侵略とヤプール復活を企てる宇宙人連合の魔の手が彼らに忍び寄っていた。