本作は『ミニパト』本編に繋がらない、完全に独立した内容となっている。ストーリーパートの特車二課による事件鎮圧とフリーパートのダンジョン探索に分れた構成となっている。ある日、桟橋で釣りを楽しんでいた後藤のもとに街中でレイバーが暴れていると連絡が入る。予算の都合で第一小隊が出せないと言葉を受けると後藤は二つ返事で出動要請に応じるのであった。