公安局刑事課に所属する執行官の嘉納火炉(かのうひろ)はある日、公安局局長・禾生(かせい)からの辞令を受け、異例の昇進で監視官に任命される。
時を同じくして、公安局宛にスーツケースに押し込められた死体が届く。そして死体には「トロリー・プロブレムを見過ごすな」と言う謎のメッセージが添えられていた。嘉納を筆頭に新任執行官らで編成された刑事課三係の面々は、未だ足並みが揃わぬなか事件の捜査にあたるが軋轢は徐々に広がっていく。死体の発送元を辿ると、自然回帰主義者らが暮らすシビュラ社会から隔絶された独立集落 「特別自治区 Neo・Nature・Division」《通称 NND》が事件に何らかの関係があると発覚する。
嘉納は執行官らと調査に赴くが、そこで特区内の治安維持組織の構成員・神宮寺司(しんぐうじつかさ)と激しく対立する。
神宮寺が事件の鍵を握ると推測した嘉納は強引に捜査を進めるが、政府からの圧力を受け思うように進まない。
そして次第に、様々な利権と思惑が複雑に絡んだNNDの闇が浮かび上がっていく…。
「トロリー・プロブレム」とは?謎の死体が意味するものとは?神宮寺の目的とは?そして、嘉納はひとつの答えに辿り着く―。
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