本作から従来のゲームシステムに大幅な変更が加わり、見下ろし型マップを基礎として固定のステージをクリアしていく従来の作風から、ワールドマップによるステージ選択性を導入した純粋な横スクロールアクション式の作風に変化した。これに伴い、横スクロールアクションステージがゲームのメインとなり、見下ろし型マップの比重は旧作よりも小さくなっている。

世界観や作風の面でも大きく変化し、キャラクターやストーリーがよりコミカルに描かれるようになった。当時の『コミックボンボン』で連載されていた漫画や読者からの投稿を一部のキャラクターに反映させている。また、後に主要キャラクターとなる巨大からくりメカ「ゴエモン・いんぱくと」の初登場作品であり、以降に連なるSF時代劇コメディの世界観が本作で確立された。