杉下右京(水谷豊)と冠城亘(反町隆史)が所属する警視庁特命係に、問題を起こしたサイバーセキュリティ対策本部の青木年男(浅利陽介)が異動してくる。想定外の3人体制となったうえに、青木はなぜか右京と亘を目の敵にしている様子。
一方、権力復活を虎視眈々と狙う警察庁長官官房付の甲斐峯秋(石坂浩二)と、それを阻止すべくけん制してきた警視庁副総監の衣笠藤治(杉本哲太)ら上層部の面々は、水面下で駆け引きを続けていた。
そんな、さまざまな思惑、罠、陰謀が入り乱れる中でも、特命係は事件の真相を暴き、犯人を見つけ出していく。
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