副題の「Before the fall」とは、『進撃の巨人』本編第1巻で語られる「ウォール・マリア陥落の前」を意味する。物語は、エレン達が活躍する『進撃の巨人』本編の時代から約70年前から始まる。壁の中に進入を許してしまった巨人の吐瀉物の中から、一人の赤ん坊が発見された。やがて成長し、キュクロ(巨人の子)と名付けられた少年は数奇な運命を辿る。そして、彼は未だ巨人と戦うすべを持たなかった人類に希望をもたらす存在となっていく──。

巨人への恐怖を乗り越えたローザは、適性試験に合格して晴れて「立体機動装置」装備兵の候補となった。しかし、「立体機動装置」の訓練が始まったその日、ローザの装備する装置が不調を起こして飛翔中に墜落する。それは単なる事故ではなく、何者かの装置への細工によって引き起こされたものだった。調査兵団訓練地内に遠征の妨害を企図する者がいるのか!? 結束しかかっていた新生調査兵団に不穏な空気が流れる。