副題の「Before the fall」とは、『進撃の巨人』本編第1巻で語られる「ウォール・マリア陥落の前」を意味する。物語は、エレン達が活躍する『進撃の巨人』本編の時代から約70年前から始まる。壁の中に進入を許してしまった巨人の吐瀉物の中から、一人の赤ん坊が発見された。やがて成長し、キュクロ(巨人の子)と名付けられた少年は数奇な運命を辿る。そして、彼は未だ巨人と戦うすべを持たなかった人類に希望をもたらす存在となっていく──。

調査兵団は兵団志願の訓練兵達の中から「立体機動装置」を装備する兵の候補を育成するため、特別訓練クラスを設ける。訓練初日、ホルヘ教官は彼らをウォール・マリアの壁上に連れて行き、巨人の姿を見せた。初めて巨人の真の姿とその不死身ぶりを目の当たりにした訓練兵達は恐怖に囚われ、その日より調査兵団志願を取り消す者が相次ぐこととなった。そして、ローザももまた恐怖と意地の狭間で揺れ動いていた。