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火野映司 / 仮面ライダーオーズと相棒のアンクは3体のモールイマジンと戦うが、モールイマジンは偶然居合わせた少年の記憶を辿って過去に逃亡。そこへ、時の列車デンライナーとともに野上幸太郎 / 仮面ライダーNEW電王と相棒のテディが登場し、映司とアンクは彼らとともにモールイマジンの後を追って、1971年11月11日の世界に向かう。

1971年の世界で仮面ライダーNEW電王はモールイマジンを倒すが、その際にアンクは自分以外のグリードが復活していないことを理由にメダルの取り放題を企み、映司やモモタロスたちに阻止される。この時、アンクがセルメダルを1枚落としてしまったことに誰も気づかなかった。

現代＝2011年4月の世界に帰還した映司とアンクは、ナオキとミツルの少年2人組にオーメダルをスラれてしまう。後を追って辿り着いたのは見覚えのないスラムで、現れた刑事は怪人に変身した。日本は悪の秘密結社ショッカーによる支配を40年以上も受け、仮面ライダー1号・仮面ライダー2号がショッカー最強の戦士として君臨。これは、例のセルメダルが原因となって生じた時間改変によるものだった。

ショッカーに回収されたセルメダルが、独自に開発されたショッカーメダルに吸収されたことで怪人ショッカーグリードが誕生。ショッカーグリードに敗北した1号・2号がショッカーに洗脳されてショッカーの側に就いたことで仮面ライダーの歴史に歪みが生じ、1号・2号以外のライダーは誕生しないことになってしまった。だが、特異点ゆえに時間の影響を受けない幸太郎と、彼に同行していた映司だけは生き残っていた。そして、ショッカーは後世に現れる多くの大組織と結託し、日本を自らの支配下に置いていた。

ショッカーは世界を完全に制圧すべく、さらなる進攻を開始。映司が現代に留まって怪人連合と戦う一方、幸太郎たちは歴史を修正するために再び1971年の世界に向かう。