高貴なる義務に身を捧げよ！ 人気シリーズより、新たなる物語が開幕！

1944年、第501統合戦闘航空団（ストライクウィッチーズ）の活躍で、ガリア共和国は怪異・ネウロイから解放された。 いまだ欧州はネウロイの脅威に晒されているため、ガリア共和国のパリを防衛するべく、 第506統合戦闘航空団（ノーブルウィッチーズ）が結成される。 しかし、各国の思惑で貴族出身ウィッチで構成されるＡ部隊と、リベリオン政府が送り込んだＢ部隊の２部隊ができてしまう。 うまく連携がとれていないまま、扶桑出身の黒田那佳が加わることになるのだった・・・！