副題の「Before the fall」とは、『進撃の巨人』本編第1巻で語られる「ウォール・マリア陥落の前」を意味する。物語は、エレン達が活躍する『進撃の巨人』本編の時代から約70年前から始まる。壁の中に進入を許してしまった巨人の吐瀉物の中から、一人の赤ん坊が発見された。やがて成長し、キュクロ(巨人の子)と名付けられた少年は数奇な運命を辿る。そして、彼は未だ巨人と戦うすべを持たなかった人類に希望をもたらす存在となっていく──。

キュクロの生存を信じるシャルルは、「装置」改良のために開発者のアンヘルを地下街から連れ出し工場都市に向かう。その頃、調査兵団志願の訓練兵に匿われたキュクロが隠れ棲む猟師小屋に、反体制組織の残党狩りの憲兵が迫っていた!