ゲームシステムは『忍者ハヤテ』を基本とし、「A.D.4000」のシューティングシーンのみ『ヤマト』からの流用となっている。本作のシステムの土台となったゲームは、『スペースエース』（1984年）、『ヤマト』の要塞ウルクのステージで、スタッフはこの2つゲームを参考にしながら本作を作ったとしている。専用のアップライト筐体は『ハヤテ』からの改造となっている。
ゲームの難易度を5段階に変更（LEVEL）、ステージ進行をアーケード順（過去→現在→未来）・最終面以外ランダム・LDのインデックス順・年代順・時代選択可・ステージセレクト可（ST-ORDER）、ゲーム中テロップのフォント変更及び日本語・英語切り替え（FONT,MESSAGE）、プレイヤーの状態によって難易度を下げる（LV-DOWN）、などを「DIP MODE」で個別に設定出来る。