2053年の「横浜新都心」に住む久堂ユウキは、暴走したジャイロゼッター"イビルゼッター"に街が襲われたことがきっかけに、ジャイロゼッターのドライバーとなる。

イビルゼッターから市民を守るべく、結成された組織「アルカディア」。そして、その才能から選ばれしドライバーとなったユウキは、戦いの中で、漆黒のジャイロゼッター「アルバトロス」、伝説のジャイロゼッター「ライバード」と、そのドライバーである轟カケルと出会う。

彼らとの運命の出会いが、やがて歴史を変える大きな事件へとつながってゆく・・・