忍者の里と呼ばれる村の村長から調査依頼を受け、コナン・蘭・平次・和葉の4人は謎解きのステージとなる村の文化財『からくり屋敷』に向かう。
その屋敷には『姫と忍者』の怪しい伝説が眠り、誰も解けない複雑なからくりで造られていた！！

東西名探偵の勝負に燃えるコナンと平次…！
しかし、コナンと蘭が入った部屋の扉が開かなくなり…平次・和葉とはぐれてしまう…！！

屋敷に入った4人を待ち受けるものは一体…？！
そして、『姫と忍者』の伝説とは？！

脱出する方法は、館の中に散りばめられたアイテムを探し出し、全ての謎を解き明かすのみ！
閉ざされた屋敷から無事に脱出することが出来るのか？！