作中は1万2千年前の古代日本を舞台にしており、真言告（言霊）の概念が存在する。
目に見えぬ神を信仰する世界、ある村の少年鷹野（たかや）はある日捨て子を拾う。赤子は透祜（とおこ）と名付けられ、鷹野の妹として育てられた。7年後、透祜が育った村は目に見える神、威神の徒党に襲われる。生き延びた透祜と鷹野、彼等の兄のような存在の青比古（あおひこ）は目に見える神、亞神（あしん）の信徒に助けられる。
目に見えぬ神々、目に見える神（平和を尊ぶ亞神、争いを好む威神）とその信徒の戦いを描く。