ある日、ワリオがプロペラ機でフライトしていたところ、突然のエンジントラブルで森の中へ墜落してしまう。 森の中をさまよっていると洞窟にたどり着き、その中で不思議な造形のオルゴールを見つける。ネジを回してみると突然オルゴールが光り出し、その光に当てられたワリオの姿が消えてしまう。

気がつくとワリオは謎の神殿に飛ばされていた。ワリオが目覚めたことを見計らうと、突然そばにあった石像が喋り出した。 ここはオルゴールの中に創造されている平和な世界で、自身はその守護神だったが、突然現れた邪悪な者の力で石像に封印され、世界を支配されてしまったという。 もし封印を解いてくれたら元の世界へ帰してくれる上、その過程で手に入る財宝も全て譲渡すると約束する神。この要求をワリオは快諾し、封印の鍵となっている5つのオルゴールを探す冒険に出るが…。