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門矢士=仮面ライダーディケイドが訪れた、「とある世界」。そこでは、なぜか士の撮った写真は像を歪めることがなかった。

そんな士の脳裏に、突然ある洋館が思い浮かぶ。士がわずかな記憶を頼りに洋館にたどりつくと、そこには士の妹と名乗る少女門矢小夜がおり、士はここが自分の世界だと確信する。

しかしこの世界でも「世界の崩壊」は進行していた。小夜に仕える月影ノブヒコは、世界の崩壊が各世界に生まれたライダー達にあると言い、それを止めるためには、「最強のライダー」をたった1人決めなくてはならないと告げる。その事を聞いた士は失われていた記憶を取り戻し、「ライダートーナメント」の開催を決める。各世界を旅した士という存在が橋渡しとなり、続々と集結し戦うライダー達。

しかし、その戦いの裏には各世界の悪の組織により構成された組織「大ショッカー」の陰謀が隠されていた。「ライダートーナメント」の決着と共に士と月影の挙動が怪しくなり、会場が崩壊。気絶したユウスケと夏海は大ショッカーの本部へと連れて行かれてしまう。

夏海を追ってやってきた栄次郎は、突如大ショッカーの大幹部死神博士に変身し、さらに士が現れて、本当の正体を明らかにする。士は、大ショッカーの大首領 [7]であり、各世界の仮面ライダーが引き合うことが原因で引き起こされる世界の崩壊を防ぐ為の、「ライダー討伐」が彼の真の目的だったのだ。

変貌した士達に追われて、大ショッカー本部を脱出したユウスケと夏海は小夜の元へ向かう。しかし小夜は自身を置いて次元を超える旅に出て行った兄を深く恨んでおり、その憎しみから大ショッカーの大神官ビシュムへと覚醒を遂げていた。そしてユウスケもまた小夜の持つ「地の石」の力によって「禁断の闇」をもたらす「ライジングアルティメット」へと覚醒。優しい心を失い小夜=ビシュムの操り人形へと変貌してしまう。残された夏海は、ディケイド（士）を信じた自分の判断は誤りだったのかと自問自答する。

自らの目的を果たし、居場所をようやく得たはずの士であったが、世界の崩壊は止まらない。実は世界の崩壊の原因がライダーであるというのは偽りであり、士の世界を渡る力を利用して大ショッカーが各世界に侵攻する為の「橋」を作るのが大ショッカーの真の目的であった。そして各世界のライダーが倒された以上、もはや士の利用価値はなくなっていた。月影と小夜に大首領の座を奪われ、大ショッカー基地より放逐される士。そして、光写真館もまた、夏海からの拒絶によって、既に士の居場所ではなくなっていた。

ライダートーナメントにより各世界のライダーはほぼ絶滅。目論見どおりに邪魔者であるライダー達を消し去った大ショッカーは、各世界へ侵攻を始める。夏海は、大ショッカーの攻撃から逃れるため、鳴滝と海東大樹（仮面ライダーディエンド）の助力によりさまざまな世界を逃亡し続ける。

その頃、仲間も居場所も目的も失い、自暴自棄となった士の前に、かつて士の手により組織を放逐された男結城丈二が現れる。結城は士の命を奪おうとするが、生きる力さえ失った士に失望し叱咤する。結城との出会いを切っ掛けに、士は大ショッカーとの戦いを決意。大ショッカーに襲われて絶体絶命だった夏海とディエンドを救う。そのままディエンドとディケイドは無数の大ショッカー怪人軍団に戦いを挑むが、たった2人だけでは太刀打ちできず、劣勢に追い込まれてしまう。

その時、次元の道が開き、ディケイドを救う為に各世界のライダーが世界の壁を超えて集結する。今ここに、オールライダー対大ショッカーの大決戦が始まる。