以神奥地区为舞台，加入了许多新登场的神奇宝贝与原有神奇宝贝的新进化型，以此所展开的新冒险。这次同样也可以选择男／女主角进行游戏，没选择的另一位主角会成为支援主角的角色，而不论选择哪一位主角，竞敌都是共通的。此外，这次有敌对组织“银河队”登场。

本作登场的神奇宝贝共有493只，总共追加了107只新神奇宝贝。其中登场的神奇宝贝大多数都有进化前、进化后的型态是一大特征。但不过在游戏初期，玩家只可以用博士提供的“神奥地区图鉴”看到151只神奇宝贝，直至游戏完成和完成图鉴（150只，玛纳霏除外）后收到博士给的全国图鉴后，才可以看到所有旧版和少数新追加的神奇宝贝。

本作第一次将地图画面3D化。在建筑物旁可以看见侧面，从高的地方可以发现较低处的物体会变小，加强了远近法的表现。此外在事件剧情时，也可以看到以简单的建模作成的神奇宝贝与建筑物（直到前作为止都仅采用位图描绘）。