日本の男性アニメーションプロデューサー、実業家である。元東京ムービー新社社長。和歌山県出身。京都大学農学部中退。

アニメ制作会社東京ムービー、同じくテレコム・アニメーションフィルムの創設者である。制作部長時代に『ムーミン』を制作。第26話で当時の社長に打ち切られ、不満を持っていたそうである。因みに『ムーミン』の制作を継いだのは、虫プロダクションであった。その後は東京ムービーの社長として『巨人の星』『ルパン三世』など、数々のアニメの製作を手がけた。国際放映、三協映画では実写映画の製作者としても名を連ねた。野心的な企画と巧みな勧誘で、長浜忠夫、大隅正秋、宮崎駿、高畑勲、大塚康生、楠部大吉郎ら優秀なクリエイターを東京ムービーへ招くことに成功。東京ムービー作品を制する制作会社として楠部が設立したAプロダクションは後のシンエイ動画となった。

漫画のテレビアニメ化と映画化に飽き足らなくなり、世界に通用する日本のアニメーションを目指してウィンザー・マッケイのコミック『夢の国のリトル・ニモ』の映画化に挑戦。東京ムービーとは別に新たにテレコム・アニメーションフィルムを設立。アニメ映画『NEMO/ニモ』の製作。製作期間は10年にも及び、藤岡のライフワークとなった。『NEMO/ニモ』の失敗によりアニメ界から身を退くことになったが、その過程でテレコム・アニメーションフィルムが制作した長編アニメ映画を宮崎駿、高畑勲が監督。藤岡の試みは、東映動画の長編作品の技術をスタジオジブリへ引き継ぐ足がかりとなったと評価された。

その駆け引き好きのキャラクターは、宮崎と大塚が手がけたテレビアニメ『未来少年コナン』のダイス船長のモデルとなった。没後、2005年の東京国際アニメフェアで、アニメの発展に寄与したことが認められ、第1回特別功労賞を受賞。