时长:00:23:52 / 首播:2004-12-12
　スカラベ型は消滅したが、竜宮島はまた衛という尊い犠牲を払うことになってしまった。敵に同化されかけた一騎も負傷し、剣司は戦闘に怯えて自室に引き籠ってしまう。史彦たちは基地内に張り巡らされた菌糸によってCDCから遮断され、ジークフリードシステム内部に閉じ込められた総士を救出するため、努力を尽くしていた。
　 一騎は総士を救い出すため、道生は弓子と生まれてくるであろう子を守るため、ファフナーとの同化を加速する薬剤を接種されることを望む。乙姫がコアとなり、マークザインを本体としてフェストゥムの菌糸を排除し、総士を救出する試みが始まった竜宮島へ、一機の人類軍所属機が恐るべき速度で接近する。それこそ、ミツヒロの遺産であり、彼と狩谷から憎しみの感情を学んだマスター型フェストゥム・イドゥンが駆るファフナー・マークニヒトであった。