时长:00:23:51 / 首播:2004-09-05
イドゥンが支配する人工島から撤収を試みる一騎たちだが、真矢と溝口が島の下層部に取り残されてしまう。
直ちにフェンリルを放ち、全てを消し去ろうとする狩谷。しかし、一騎が地上で敵を引き付けている間に、甲洋が海中の脱出ハッチより2人を助け出した。｢総士、翔子が守りたかったものが、やっとオレにもわかったよ……｣既にフェストムに浸蝕されかけていたマークフィアーは、2人を乗せた潜水艇をマークエルフに手渡して波間に消えていく。だが間一髪、咲良のマークドライが駆けつけ、甲洋の乗ったコクピットを分離・救出することに成功した。
そして多数の人員と貴重なファフナー１機を失った作戦から数日後。未だに登校してこない甲洋を見舞うため、真矢と咲良、一騎、剣司、衛にショコラはメディカルセンターを訪れる。隔離病室で一行が見たのは、フェストムに半同化され、植物人間状態となった甲洋の変わり果てた姿だった。