■anond:20251005140044

俺も忙しいから適当に探して適当に読んだだけだけど

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.05.583605v2.full.pdf

Genomesketchingis a fast and memory-efficient solution to estimateANI similarityby distilling representative k-

mers fromthe original sequences.

ほーん

Tool	k	Sketch Size	MAE ↓	RMSE ↓	MPAE ↓	Pearson ↑
FastANI	16	-	0.312	0.368	0.334	0.999
Skani	-	198MB(850×)	0.354	0.422	0.377	0.996
Mash	21	830KB(3.6×)	0.399	0.591	0.430	0.981
Bindash	21	351KB(1.5×)	0.360	0.530	0.385	0.986
Dashing2	21	1.2MB(5.2×)	0.500	0.650	0.537	0.981

...

MAE> 0.3 なんて個人特定にゃ使いもんにならねーじゃん・・・

単なる予想でエビデンスなんて無いけどヒトの全ゲノム入れたら繰り返し領域やイントロン部分で誤差さらにデカくなるんじゃねえの・・・

個人特定できるレベルまで精度を上げようとしたら次はシーケンサエラーや体細胞変異の所為で合わなくなる

だからk-merだろうが何だろうが全ゲノムを使ってハッシュ化しちゃダメでしょ

十分な深度でシーケンシング言うて今ショートリード100xで20万くらい。これがゲノム全体を読めないのはご存じの通り。

それでも男性全員いうたら6000万として200,000*60,000,000=12,000,000,000,000

12兆。

全ゲノムを読むためにロングリードを十分な深度で使うならその10倍くらい？やったことないから知らんけど。

Permalink |記事への反応(0) | 00:01

ツイートシェア

■

君もイントロンを捨てて新人類になろう

Permalink |記事への反応(0) | 22:43

ツイートシェア