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たまに勘違いされるが、戸籍の性別変更の手続きは役所ではなく家庭裁判所でおこなう。扱いとしては住所変更などではなく改名等に近い。提出するのも、（手術を受けた場合は）手術関連の証明書や診断書、場合によっては希望する性別での生活実績に関する証拠など。
役所の仕事ならば法律で規定されている通りの扱い以外期待しにくいが、裁判所ではある程度の独立性が認められていて、特に憲法とより下位の法律が衝突したときなどは裁判所の裁量で扱いを決めることができる場合がある。
性別変更については、一応いわゆる特例法が性別の変更を可能にした法律であり、それをもとに運用されていたが、特例法の手術要件に関する近年の違憲判決等を受け、裁判所側は憲法を優先する形での判断をし始めている。結果、男→女も女→男も、すでに手術なしでの性別変更が認められた事例ができている。実のところ、すでに違憲判決が出た不妊化要件だけでなく（こちらは女性では満たすことが難しいとされていた）、外観要件や（現状では厳密には前提であり要件ではないが）ホルモン要件を満たしていない性別変更もすでに認められた例が出ている。
それゆえ、性別変更に関する法律の改正は、「性別変更を容易にする」というよりは、「違憲判決に基づいてすでに現場レベルでは容易化されている実情に法律を合わせ、違憲状態を解消する」程度のことになる。
新政権やその支持者が反対意見を表明したとしても、司法をコントロールしない限りは、単に違憲状態の法律が立法府で放置されたまま裁判所では粛々と憲法の精神に従った判断を下すだけだろう。
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